Se afirma que el nombre de esta imagen, lo recibió como desagravio porque se le tuvo en abandono hasta 1932, cuando fue sacada de la capilla del Vía Crucis donde había permanecido desde los tiempos de la colonia, anteriormente se le llamaba también: Jesús Nazareno de Las Angustias, debido a que se dice que en la primera restauración llevada a cabo al rescatar la imagen se hallo un papel escrito con dicho nombre en uno de sus hombros, también el año de su burilación 1630, lastimosamente nadie conoce el paradero de dicho papel, ni tampoco es dato cierto que su escultor haya sido Carlos de Bolaños, porque los expertos opinan que la imagen fue realizada en el siglo XVIII.

En el antes mencionado año de 1932, un grupo de vecinos se avocaron al párroco del templo Nuestra Señora de los Remedios, padre Gabriel Solares para manifestarle su intención de crear para el culto del Nazareno Franciscano, y el 25 de febrero de ese mismo año quedo conformada la Hermandad de Jesús Nazareno del Perdón.

A partir de 1932 hasta 1970 año en que se completo la reconstrucción del templo franciscano, la imagen estuvo expuesta a la veneración de los fieles en la capilla de la Tercera Orden de San Francisco, ubicada al norte del templo.

En lo que respecta al cortejo procesional los datos nos indican que de 1932 a 1955 Jesús del Perdón salía del Templo de San Francisco el Grande el martes santo de cada año, luego en 1955 bajo la presidencia de Don Enrique Berduo Díaz, se movió la fecha procesional para el jueves santo, como se mantiene actualmente.

La marcha fúnebre oficial de la procesión de jueves santo es: "Jesús Nazareno del Perdón" obra del maestro Manuel Antonio Ramírez Crocker, y fue estrenada en el año de 1964.